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ReadyAMP®PCR直接扩增技术在细菌16s rDNA鉴定中应用表现
更新时间:2024-06-26   点击次数:95次

ReadyAMP®PCR直接扩增技术在细菌16s rDNA鉴定中应用表现

随着分子学的发展,细菌16S rDNA序列的鉴定逐渐成为细菌特征的“金标准"。大部分实验室中正逐步使用该方法替代传统细菌培养、生化鉴定等方法。16S rDNA因其序列在物种间的高度多样性,成为细菌分类研究的“分子钟",素有“细菌化石"之称。

16S rDNA鉴定意义重大,主要体现在以下几个方面:

1、测序结果和已知细菌16S rDNA序列数据库进行比较,可以确定未知细菌的分类和物种关系。对临床微生物和环境微生物意义重大。

2、通过比较不同细菌的16S rDNA序列,可以推测相互之间的亲缘关系和进化关系,进而了解细菌的进化和演化史。

3、通过环境样本中细菌16S rDNA序列比较,可以分析和总结出不同细菌在不同环境下对自然界的功能和作用。

4、菌落中16S rDNA可变区进行鉴定,可提供菌落组成、表达丰度、以及系统进化分析。为菌落与环境、环境与人类的相互作用提供数据支持。

但是常规获得16S rDNA序列的方法如图1。实验室工作人员zui常用的细菌DNA提取试剂盒,也就是通用的离心柱式提取基因组

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1 传统离心柱提取和ReadyAMP®快速16S rDNA细菌鉴定试剂盒对比

 

DNA。作为传统且经典方法,该方法对长期从事提取工作的实验室人员来说存在几个难点:

1、提取时间长达40-90分钟

2、需要使用溶菌酶、蛋白酶K等酶类

3、需要使用多种设备,包括恒温浴、离心机等

4、革兰氏阳性菌产量低

针对以上痛点和难点,我司开发了ReadyAMP®快速16S rDNA细菌鉴定试剂盒,操作流程见图1。该方法最大的特点如下:

1、简单便捷、一步完成;

2、检测线低至104/mL细菌;

3、检测样本丰富,例如对数生长期菌液、菌斑、甘油菌等;

4、样本需求量低,例如菌液/甘油菌1-3μL、菌斑1个;

5、革兰氏阴性菌100%检出;

6、革兰氏阳性菌99.99%检出;

7、难培养样本有效;

8、珍贵样本有效;

 

已验证的细菌包括:

图片3.png

 

 

案例A——对数生长期细菌快速扩增16S rDNA

图片4.png

 

以对数生长期菌液为模板,使用ReadyAMP®快速16S rDNA细菌鉴定试剂盒(货号Nu-16S01)扩增16S rDNA,以菌液对应硅胶柱提取基因组为对照。

 

 

案例B——单菌落快速扩增16S rDNA

图片5.png

 

以对单菌置生理盐水中为模板,使用ReadyAMP®快速16S rDNA细菌鉴定试剂盒(货号Nu-16S01)扩增16S rDNA,以菌液对应硅胶柱提取基因组为对照。

 

 

 

 


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